Это связано с тем, что Googlе Analytics или Яндекс.Метрика – разные системы аналитики. 
Они оперируют разными данными, а методика расчета даже одних и тех же показателей может отличаться. 
Также есть вероятность, что во время проверки произошла ошибка. Кроме того, показатели могут отличаться по причине различия пользовательских настроек рекламных кампаний.